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--- genetik:populationsgenetik [2026/07/12 21:10] – [Referenzgenome] kathrin
+++ genetik:populationsgenetik [2026/07/30 14:13] (aktuell) – [Rekombination] kathrin
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-Sowohl historische Berichte als auch jüngere populationsgenetische Analysen (z.B. Carneiro //et al//., 2011((Carneiro, M., Afonso, S., Geraldes, A., Garreau, H., Bolet, G., Boucher, S., ... & Ferrand, N. 2011. The genetic structure of domestic rabbits. Molecular biology and evolution, 28(6), 1801-1816.)) oder Alves //et al//., 2015((Alves, J. M., Carneiro, M., Afonso, S., Lopes, S., Garreau, H., Boucher, S., & Ferrand, N. 2015. Levels and patterns of genetic diversity and population structure in domestic rabbits. PLoS One, 10, e0144687.)); siehe auch: [[wildkaninchen:geschichte|]]) deuten darauf hin, dass die heutigen Hauskaninchen allein von einer französischen Population der Unterart //O. c. cuniculus// abstammen, bei der sich während oder nach dem Eiszeitalter (Pleistozän), jedoch noch Tausende Jahre vor ihrer Domestikation, ein genetischer Austausch mit einer weiteren Unterart, //O. c. algirus//, ereignete. Im Vergleich zu anderen Tierarten fand die Domestikation von Kaninchen erst sehr viel später und ausschließlich in Westeuropa statt. Die Ergebnisse von Carneiro //et al//., 2011 lassen außerdem vermuten, dass die nacheiszeitliche Besiedelung Südfrankreichs durch //O. c. cuniculus//, ausgehend von der Iberischen Halbinsel, bzw. insbesondere der initiale Domestikationsprozess (Haltung von Wildkaninchen in Klöstern, ummauerten Gehegen oder auf kleinen Inseln; Zähmung ab etwa 600 n. Chr), mit einem starken genetischen Flaschenhals (//Bottleneck//) einherging: es waren wohl höchstens ∼1.200 Individuen -- weibliche und männliche Tiere zu etwa gleichen Anteilen -- an der Haustierwerdung beteiligt, und nur etwa 60% der in der französischen Ursprungspopulation vorhandenen genetischen Variabilität (oder: genetischen Vielfalt) sei erhalten geblieben.\\
+Sowohl historische Berichte als auch jüngere populationsgenetische Analysen (z.B. Carneiro //et al//., 2011((Carneiro, M., Afonso, S., Geraldes, A., Garreau, H., Bolet, G., Boucher, S., ... & Ferrand, N. 2011. The genetic structure of domestic rabbits. Molecular biology and evolution, 28(6), 1801-1816.)) oder Alves //et al//., 2015((Alves, J. M., Carneiro, M., Afonso, S., Lopes, S., Garreau, H., Boucher, S., & Ferrand, N. 2015. Levels and patterns of genetic diversity and population structure in domestic rabbits. PLoS One, 10, e0144687.)); siehe auch: [[wildkaninchen:geschichte|]]) deuten darauf hin, dass die heutigen [[:hauskaninchen|Hauskaninchen]] allein von einer französischen Population der Unterart //O. c. cuniculus// abstammen, bei der sich während oder nach dem Eiszeitalter (Pleistozän), jedoch noch Tausende Jahre vor ihrer Domestikation, ein genetischer Austausch mit einer weiteren Unterart, //O. c. algirus//, ereignete. Im Vergleich zu anderen Tierarten fand die Domestikation von Kaninchen erst sehr viel später und ausschließlich in Westeuropa statt. Die Ergebnisse von Carneiro //et al//., 2011 lassen außerdem vermuten, dass die nacheiszeitliche Besiedelung Südfrankreichs durch //O. c. cuniculus//, ausgehend von der Iberischen Halbinsel, bzw. insbesondere der initiale Domestikationsprozess (Haltung von Wildkaninchen in Klöstern, ummauerten Gehegen oder auf kleinen Inseln; Zähmung ab etwa 600 n. Chr.), mit einem starken genetischen Flaschenhals (//Bottleneck//) einherging: es waren wohl höchstens ∼1.200 Individuen -- weibliche und männliche Tiere zu etwa gleichen Anteilen -- an der Haustierwerdung beteiligt, und nur etwa 60% der in der französischen Ursprungspopulation vorhandenen genetischen Variabilität (oder: genetischen Vielfalt) sei erhalten geblieben.\\
 Für ihre vergleichende Untersuchung von DNA-Sequenzen -- autosomale und X-chromosomale Introns, weitere Fragmente -- zogen sie Wildkaninchen (//O. c. algirus// aus dem Südwesten der Iberischen Halbinsel, //n//=10, und //O. c. cuniculus// aus dem Nordosten der Iberischen Halbinsel, //n//=12, oder aus Frankreich, //n//=15) sowie Hauskaninchen verschiedener Rassen (Hasenkaninchen, //Champagne d'Argent//, Chinchilla, Englische Widder,  Englische Schecken, Burgunder, Französische Angora, Belgische Riesen, Kalifornier, Ungarische Riesen, Weiße Neuseeländer, Hermelin, Thüringer, Weiße Wiener und Rex; //n//=25) heran. Die Rassen wurden so ausgewählt, dass sie ein breites Spektrum von Phänotypen repräsentieren, möglichst alt und nur wenig miteinander verwandt sind, sowie verschiedene Nutzungszwecke widerspiegeln.
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 Ein Bestandteil der Arbeit von Carneiro //et al//., 2011((Carneiro, M., Afonso, S., Geraldes, A., Garreau, H., Bolet, G., Boucher, S., ... & Ferrand, N. 2011. The genetic structure of domestic rabbits. Molecular biology and evolution, 28(6), 1801-1816.)) (s.o.) war auch die Untersuchung von LD anhand von Gensequenzen domestizierter Kaninchen (6 Rassen -- //Champagne Silver, English Spot, French Angora, French Lop, New Zealand White (INRA strain)// und //Rex// -- mit jeweils 25 Individuen).
+Die für eine kommerziell gehaltene, chinesische Angorakaninchen-Population berechneten LD-Werte deuteten auf einen hohen Inzuchtgrad durch starke künstliche Selektion hin.((Wang, D., Xie, K., Wang, Y., Hu, J., Li, W., Yang, A., … & Fan, X. (2022). Cost-effectively dissecting the genetic architecture of complex wool traits in rabbits by low-coverage sequencing. Genetics Selection Evolution, 54(1), 75.))
 ===== Referenzgenome =====
-Aufgrund seiner Position im phylogenetischen Stammbaum der Säugetiere (Ähnlichkeit zum menschlichen Genom) und seiner bedeutenden Rolle als Modelltier in der biomedizinischen Forschung wurde das Kaninchen für das „//Mammalian Genome Project//“ ausgewählt -- in diesem Rahmen wurde erstmals das gesamte Genom einer Neuseeländer-Häsin sequenziert (Broad Institute, USA; Lindblad-Toh //et al//., 2011((Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., ... & Kellis, M. 2011. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature, 478(7370), 476-482.))). Das resultierende Referenzgenom aus dem Jahr 2005 wurde "OryCun1" genannt. Kurz darauf wurde das Kaninchengenom ein zweites Mal vollständig sequenziert (OryCun2.0; Broad Institute, USA; 2009). Neben dem Kern-Genom enthält das verbesserte OryCun2.0 auch eine Zusammenstellung des mitochondrialen Genoms.
+Aufgrund seiner Position im phylogenetischen Stammbaum der Säugetiere (Ähnlichkeit zum menschlichen Genom) und seiner bedeutenden Rolle als Modelltier in der biomedizinischen Forschung wurde das Kaninchen für das „//Mammalian Genome Project//“ ausgewählt -- in diesem Rahmen wurde erstmals das gesamte Genom einer Neuseeländer-Häsin sequenziert (Broad Institute, USA; Lindblad-Toh //et al//., 2011((Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., ... & Kellis, M. 2011. A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals. Nature, 478(7370), 476-482.))). Das resultierende Referenzgenom aus dem Jahr 2005 wurde "OryCun1" genannt. Kurz darauf wurde das Kaninchengenom ein zweites Mal vollständig sequenziert (OryCun2.0, 2009). Neben dem Kern-Genom enthält das verbesserte OryCun2.0 auch eine Zusammenstellung des mitochondrialen Genoms.
 **Tabelle 4:** Referenzgenome der Art //Oryctolagus cuniculus// (Auswahl)